Onderbouw
De leerlingen van de onderbouw krijgen tweemaal per schooljaar een rapport.
Daarnaast krijgen de leerlingen en ouders een eigen inlogcode waarmee zij steeds de behaalde resultaten kunnen inzien op Magister. De inlogcode van de ouders is noodzakelijk om te kunnen inschrijven voor de spreekavonden.

Bovenbouw
De leerlingen van klas 3 starten met delen van de examenstof in kleinere delen.
Hiervoor worden repetities en schooltoetsen gemaakt, waarbij het voortschrijdend gemiddelde het eindcijfer bepaalt. Naast deze toetsvorm kunnen docenten er ook voor kiezen kleine voortgangstoetsen af te nemen, die een beeld geven hoe de leerling op dat moment presteert. Leerjaar 3 wordt afgesloten met een grotere 90-minutentoets.
Het niet afgeronde overgangscijfer van klas 3 telt voor 25% mee in het PTA van klas 4.
Het cijfer van lichamelijke opvoeding en CKV wordt eind klas 3 uitgedrukt met de letter v of g. Bij een onvoldoende kan de leerling niet bevorderd worden naar klas 4. Maatschappijleer wordt in klas 4 afgesloten met een cijfer, dat direct wordt meegenomen op het diploma eind klas 4. Eén eindexamencijfer staat hiermee dus al vast bij aanvang van het CE.

Leerlingvolgsysteem en Diatoetsen
Gedurende hun schoolloopbaan worden leerlingen gevolgd in hun voortgang via het jaarklassensysteem. Binnen het Basisonderwijs gebeurt dit meestal met behulp van het Cito-leerlingvolgsysteem (LVS). De St.-Jozefmavo werkt met het leerlingvolgsysteem van Diataal. In klas 1 neemt de school een digitale nulmeting af op het gebied van Nederlands, Engels en Rekenen. In april/mei vinden vervolgens de volgtoetsen plaats, waarbij ook wiskunde kan worden toegevoegd, om te kijken hoe de leerling er na deze maanden op een “Diagroeiliniaal” voor staat.

In leerjaar 2 en 3 vinden vervolgens alleen volgtoetsen plaats. Aan de hand van deze toetsen kan er gekeken worden welk oefenmateriaal er voor de leerlingen nodig is of dat verder gekeken moet worden of er andere oorzaken zijn waardoor een misschien achterstand is opgelopen en wat daar aan te doen is.